土木工程学院的前身为土木建筑工程系，成立于1959年。1998年8月，福州大学以土木建筑工程系为主成立土木建筑工程学院，2006年5月分设建筑学院后，更名为土木工程学院。
历经50多年的建设，特别是近10多年来，土木工程学院的各项事业得到了高速的发展。土木工程学院现设有建筑工程系、道路与桥梁工程系、水利水电与港口工程系、市政工程系、交通运输工程系、工程管理系、轨道与地下工程系等7个系，设有土木工程、水利水电工程、交通工程、交通运输、给水排水工程、工程管理等6个本科专业，其中土木工程为国家特色专业。设有结构工程研究所、桥梁与隧道工程研究所、岩土工程研究所、海西可持续工程结构与多灾害防治协同创新中心、可持续与创新桥梁福建省高校工程研究中心、土木工程防震减灾信息化国家地方联合工程研究中心等科研机构。现有土木工程一级学科博士点和博士后流动站，结构工程等8个二级学科博士点，现有土木工程、水利工程一级学科硕士点，有结构工程等12个二级学科硕士点。每年招收本科生500名左右，硕士生160名左右，博士生15名左右，工程硕士生和教育硕士生60多名。
学院“结构工程”国家重点(培育)学科、“土木工程新技术与防灾减灾”“211工程”国家重点学科建设项目，“可持续工程结构与防震减灾”福建省优势学科创新平台、“土木工程”福建省特色重点学科和“土木工程”、“水利工程”福建省省级重点学科。学院还拥有工程结构福建省高校重点实验室，土木工程多灾害防治福建省重点实验室，土木工程国家级实验教学示范中心。
土木工程学院拥有一支素质优良、年龄结构合理、学术水平较高的师资队伍。 现有教职员工168名，专任教学科研人员135人，其中教授（研究员）27 名，副教授（副研究员、高工）61名，讲师（助研）47名，具有博士学位教师93人，硕士学位的教师39人。教师中现有国家外国专家千人计划人选1人，闽 江学者3人，享受国务院特贴专家3人，福建省杰出科技人才2人，福建省优秀人才1人，教育部新世纪优秀人才支持计划1人，福建省新世纪百千万人才工程 4 人，福建省高校新世纪优秀人才支持计划9人，福建省青年拔尖创新人才1人，旗山学者（海外）1人。